Les passagers d'Aircalin doivent être attentifs à leurs droits en cas de vol annulé ou retardé. Les règles d'indemnisation varient selon la Convention de Montréal et le règlement européen 261/2004, en fonction du trajet et de l'aéroport de départ. Les voyageurs doivent faire une réclamation pour obtenir une indemnisation, en conservant tous les justificatifs nécessaires. Les conditions d'indemnisation diffèrent significativement entre les vols au départ de Nouvelle-Calédonie et ceux reliant Paris à Nouméa.